Umfassende Genomprofilierung

Wir fahren drei Stufen, und die Wahl hängt an der Fragestellung und am verfügbaren Material.

Fokussiert. Für die häufigen therapierelevanten Treiber. Schnell, materialsparend, ausreichend, wenn eine konkrete Substanz zur Debatte steht oder eine Zulassung den Nachweis einer bestimmten Alteration fordert.

Breit. Deckt die therapierelevante Landschaft solider Tumoren ab. Der Standardweg, wenn die Frage offen, aber nicht grenzenlos ist.

Umfassend. Über 500 Gene, DNA und RNA, plus die genomischen Signaturen, die selbst therapieentscheidend sind: homologe Rekombinations- defizienz, Tumormutationslast, Mikrosatelliteninstabilität — alles in einem Workflow, aus einem Materialeinsatz. Für fortgeschrittene Erkrankung nach Ausschöpfung des Standards, für seltene Entitäten, für das CUP-Syndrom.

Auch die umfassende Stufe ist ein gezieltes Panel, kein Ganzgenom. Wir führen keine Whole-Exome- oder Whole-Genome-Sequenzierung durch. Das ist eine bewusste Entscheidung: Ein kuratiertes Panel liefert zu jeder abgedeckten Alteration eine belastbare, klinisch eingeordnete Aussage, während das Ganzgenom eine Flut von Varianten ohne Handlungskonsequenz erzeugt. Wo die Frage über 500 Gene hinausgeht, sagen wir das und verweisen weiter.

Zur Einordnung der Verfahren: Die Nachweisgrenze für Punktmutationen und kleine Insertionen oder Deletionen liegt bei vier Prozent Allelfrequenz, in homopolymeren Regionen bei zehn Prozent. Die HRD-Bestimmung kombiniert pathogene BRCA1/2-Varianten mit einem Maß für genomische Instabilität. Die Konkordanz zwischen dem breiten und dem umfassenden Panel ist für pathogene und wahrscheinlich pathogene Varianten in den überlappenden Genen hoch — in einer unabhängigen Auswertung an Ovarialkarzinomen. Für die Konkordanz gegen orthogonale Methoden liegen Herstellerangaben zwischen 94 und 97 Prozent vor; diese Zahlen sind nicht unabhängig validiert.

Zwei Dinge entscheiden über Erfolg oder Ausfall: die Entkalkung und die Menge. Entkalktes Material können wir grundsätzlich verarbeiten, sofern EDTA-entkalkt wurde — EDTA schont die Nukleinsäuren, während starke Säuren sie fragmentieren. Die Fixierungsdauer ist kein Ausschlusskriterium; ob das Material trägt, zeigt sich in unserer Qualitätskontrolle.

Der Input ist überschaubar: Das fokussierte und das breite Panel arbeiten mit je 20 Nanogramm DNA und RNA, das umfassende Panel mit 30. Das ist auch aus Feinnadelbiopsien in der Regel zu gewinnen.

Für die Bestimmung der homologen Rekombinationsdefizienz braucht es einen Tumorzellgehalt von mindestens 30 Prozent. Um den müssen Sie sich aber nicht sorgen: Wir reichern den Tumoranteil durch manuelle Mikrodissektion an. Die Beurteilung, welcher Bereich des Präparats eingeht, ist unsere Aufgabe, nicht Ihre.